Добавките, съдържащи пробиотици - "приятелски" бактерии, които насърчават храносмилането и имунитета - стават все по-популярни сред здравните потребители. Според Националния център за допълваща и алтернативна медицина (NCCAM) продажбите на пробиотици почти се утрояват между 1994 и 2003 г. NCCAM отбелязва, че пробиотиците показват обещание за лечение на диария, синдром на раздразнените черва, инфекции на пикочните пътища и педиатрична екзема. Въпреки това, подобно на всички добавки, пробиотиците са свързани с някои недостатъци.
Недостатъчно доказателство
Medline Plus, служба на Националните здравни институти, отбелязва, че много от употребите на L. acidophilus - най-популярният пробиотик в света - не са доказани. Докато доброто научно доказателство подкрепя използването на ацидофилус като лечение на бактериална вагиноза, няма достатъчно големи двойно-слепи клинични проучвания, за да се установи напълно, че пробиотиците могат да лекуват други заболявания.
Стомашно-чревни нежелани реакции
Според Националните институти по здравеопазването, пробиотиците понякога причиняват лек газ или стомашен дискомфорт. Въпреки това, този страничен ефект обикновено намалява при продължителна употреба. Този нежелан ефект се наблюдава рядко при хора, приемащи умерено ниски дози пробиотици.
Възможност за инфекция
Според Националните здравни институти хората с тежко компрометирана имунна система могат да получат системна инфекция след приемане на пробиотици. Този животозастрашаващ страничен ефект е изключително рядък. Той е документиран само при хора, чиято имунна система е била компрометирана от СПИН, химиотерапия или имуносупресори.